Jedan od glavnih izazova u prehrambenoj industriji je efikasna kontrola ili – čak i bolje- eliminisanje aktivnosti bakterija. Jedno od najjačih oružja u borbi protiv bakterija je hlađenje i zamrzavanje.Kada se temperatura spusti ispod tačke kada počinje zamrzavanje, rast mikroorganizama snažno opada. To je posledica ne samo snižavanja temperature proizvoda, nego i smanjenja aktivnosti slobodne vode u proizvodu – to mikroorganizme ostavlja bez vode koja im je potrebna za metabolizam.Hlađenjem prehrambenog proizvoda smanjuje se rizik od rasta bakterija. Brzo hlađenje proizvoda  još više smanjuje rizik.

Režimi čuvanja voća i povrća prvenstveno zavise od vrste voća i povrća koje se skladišti, a zatim od pojedinih sorti. Poznato je da se sa porastom temperature svi procesi unutar ploda biljke odvijaju brže, a sniženjem temperature dolazi do usporavanja svih procesa u plodu. Hladnjače s kontrolisanom atmosferom koriste, osim niskih temperatura, i promijenjenu atmosferu unutar komora sa sniženim udelom O2 i povećanim udelom CO2. U kontrolisanoj atmosferi vrlo je važno vreme potrebno da se uspostavi tzv. ULO (Ultra Low Oksygen) režim. Za većinu sorti potrebno je da to vreme bude što kraće, najviše 3 dana. Da bi se kiseonik spustio sa standardnih 21% koliko ga ima u normalnom vazduhu potrebno je ubaciti čisti azot. Količina CO2 takođe je važna. Utvrđeno je da dolazi do oštećenja plodova ako je koncentracija istog prevelika. U komorama mora biti visoka relativna vlažnost zraka, najčešće od 90 do 95%. Ako bi vlažnost zraka bila niža, došlo bi do jače transpiracije i plodovi bi postali smežurani i bez tržišne vrednosti. U komoru mogu ići samo plodovi bez oštećenja. Nemaju sve sorte iste uslove čuvanja jer nisu sve jednako osjetljive na niske temperature i na ozlede od povećane koncentracije CO2 .

Najbolji način kontrole insekata, uključujući i prevenciju od užeglosti, je skladištenje u CA. Najveća ograničenja za dugotrajno skladištenje voća i povrća je patološki raspad uzrokovan infekcijom izazvanom Botrytis cinerae (siva buđ).